COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-12 17:00:00 3.948070 3.948070 3.004097
2021-07-11 17:00:00 3.542415 3.542415 2.893117
2021-07-10 17:00:00 2.918552 2.918552 2.771460
2021-07-09 17:00:00 2.829401 2.829401 2.654914
2021-07-08 17:00:00 3.126682 3.126682 2.548695
2021-07-07 17:00:00 2.417714 2.417714 2.440023
2021-07-06 17:00:00 1.955500 1.955500 2.324812

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-12 17:00:00 0.000000 12.795276 2.739576
2021-07-11 17:00:00 1.574307 1.574307 2.626307
2021-07-10 17:00:00 1.812367 1.812367 2.599402
2021-07-09 17:00:00 2.846975 2.846975 2.532770
2021-07-08 17:00:00 5.163330 3.161222 2.511745
2021-07-07 17:00:00 3.424658 3.424658 2.497110
2021-07-06 17:00:00 2.917772 2.917772 2.486123

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-12 17:00:00 0.000000 0.000000 3.310529
2021-07-11 17:00:00 4.065041 4.065041 3.317505
2021-07-10 17:00:00 4.000000 4.000000 3.437035
2021-07-09 17:00:00 2.880658 2.880658 3.349316
2021-07-08 17:00:00 6.048387 6.048387 3.517107
2021-07-07 17:00:00 5.286344 5.286344 3.533045
2021-07-06 17:00:00 3.381643 3.381643 3.502891

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-12 17:00:00 1.664533 0.774270 2.008940
2021-07-11 17:00:00 4.268775 4.268775 1.971568
2021-07-10 17:00:00 1.019758 1.019758 2.022878
2021-07-09 17:00:00 2.683063 2.683063 1.950108
2021-07-08 17:00:00 2.968664 2.968664 1.903872
2021-07-07 17:00:00 2.027748 2.027748 1.872076
2021-07-06 17:00:00 1.305221 1.305221 1.814285

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-12 17:00:00 8.185053 8.185053 7.434704
2021-07-11 17:00:00 5.701754 5.701754 7.329665
2021-07-10 17:00:00 7.639142 7.639142 7.280631
2021-07-09 17:00:00 9.572215 9.572215 7.165427
2021-07-08 17:00:00 7.681366 7.681366 6.995427
2021-07-07 17:00:00 11.298207 11.298207 6.890693
2021-07-06 17:00:00 5.270864 5.270864 6.833324

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-12 17:00:00 14.285714 8.760208 6.436685
2021-07-11 17:00:00 7.724252 7.724252 6.202221
2021-07-10 17:00:00 7.328244 7.328244 5.963186
2021-07-09 17:00:00 6.966925 6.966925 5.740582
2021-07-08 17:00:00 6.791908 6.791908 5.520152
2021-07-07 17:00:00 4.108681 4.108681 5.273955
2021-07-06 17:00:00 3.023118 3.023118 5.039105

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-12 17:00:00 5.821918 5.821918 2.396913
2021-07-11 17:00:00 0.657895 0.657895 2.348356
2021-07-10 17:00:00 1.832461 3.740815 2.270295
2021-07-09 17:00:00 0.463594 2.344828 2.265277
2021-07-08 17:00:00 2.831595 2.831595 2.226158
2021-07-07 17:00:00 2.455357 2.455357 2.145047
2021-07-06 17:00:00 1.625000 1.625000 2.084176

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-12 17:00:00 7.547170 7.547170 5.280309
2021-07-11 17:00:00 6.278714 6.278714 4.962610
2021-07-10 17:00:00 6.738132 6.738132 4.663860
2021-07-09 17:00:00 3.737542 5.168453 4.398479
2021-07-08 17:00:00 4.444444 4.444444 4.134524
2021-07-07 17:00:00 3.676211 3.676211 3.894256
2021-07-06 17:00:00 1.428923 2.220521 3.636348

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-12 17:00:00 1.090909 1.090909 1.219332
2021-07-11 17:00:00 2.042419 2.042419 1.165525
2021-07-10 17:00:00 1.300650 1.300650 1.082189
2021-07-09 17:00:00 1.228324 1.228324 1.028062
2021-07-08 17:00:00 1.035599 1.035599 0.976811
2021-07-07 17:00:00 1.477105 1.477105 0.928385
2021-07-06 17:00:00 0.443599 0.443599 0.870388

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-12 17:00:00 1.504355 0.904503 1.621028
2021-07-11 17:00:00 2.981159 2.981159 1.561665
2021-07-10 17:00:00 2.003127 2.003127 1.511327
2021-07-09 17:00:00 1.915390 1.915390 1.450417
2021-07-08 17:00:00 1.995915 1.995915 1.392971
2021-07-07 17:00:00 0.885740 0.885740 1.343111
2021-07-06 17:00:00 1.150758 1.150758 1.297447

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-12 17:00:00 2.506964 2.506964 3.291217
2021-07-11 17:00:00 3.516682 3.516682 3.316587
2021-07-10 17:00:00 2.793296 2.793296 3.335086
2021-07-09 17:00:00 2.122905 2.122905 3.322315
2021-07-08 17:00:00 5.172414 5.172414 3.382018
2021-07-07 17:00:00 4.593640 4.593640 3.316911
2021-07-06 17:00:00 4.382022 4.382022 3.199672

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-12 17:00:00 0.854701 0.854701 0.746194
2021-07-11 17:00:00 2.023121 2.023121 0.702912
2021-07-10 17:00:00 0.000000 0.000000 0.640724
2021-07-09 17:00:00 2.427184 0.242718 0.559209
2021-07-08 17:00:00 1.226994 0.306748 0.513098
2021-07-07 17:00:00 2.312139 0.578035 0.469570
2021-07-06 17:00:00 0.000000 0.000000 0.418547

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-12 17:00:00 0.000000 0.000000 4.490973
2021-07-11 17:00:00 3.437500 3.437500 4.496259
2021-07-10 17:00:00 inf NaN 4.404252
2021-07-09 17:00:00 9.677419 9.677419 4.350512
2021-07-08 17:00:00 2.551020 2.551020 4.152852
2021-07-07 17:00:00 3.333333 3.333333 3.923426
2021-07-06 17:00:00 5.660377 5.660377 3.807688

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-12 17:00:00 1.666667 0.431034 0.759892
2021-07-11 17:00:00 1.379310 1.379310 0.762730
2021-07-10 17:00:00 0.964187 1.369863 0.735390
2021-07-09 17:00:00 0.523560 0.523560 0.737924
2021-07-08 17:00:00 0.720721 0.720721 0.733544
2021-07-07 17:00:00 0.867679 0.867679 0.755995
2021-07-06 17:00:00 0.214133 0.214133 0.759216

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-12 17:00:00 1.080737 2.256834 1.093298
2021-07-11 17:00:00 1.365485 1.365485 1.069971
2021-07-10 17:00:00 0.630734 0.630734 1.041607
2021-07-09 17:00:00 1.006289 1.006289 0.978425
2021-07-08 17:00:00 1.659423 1.659423 0.927572
2021-07-07 17:00:00 0.993271 0.993271 0.893279
2021-07-06 17:00:00 0.845948 0.845948 0.854339

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-12 17:00:00 1.493711 1.493711 3.000740
2021-07-11 17:00:00 5.657238 5.657238 3.096324
2021-07-10 17:00:00 2.192513 2.192513 3.099506
2021-07-09 17:00:00 2.318230 2.318230 3.103345
2021-07-08 17:00:00 4.364184 4.364184 3.128649
2021-07-07 17:00:00 3.066333 3.066333 3.089114
2021-07-06 17:00:00 4.344678 4.344678 3.104066

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-12 17:00:00 7.738998 7.738998 2.313203
2021-07-11 17:00:00 3.532609 3.532609 2.201341
2021-07-10 17:00:00 2.006533 2.006533 1.985393
2021-07-09 17:00:00 2.472128 2.472128 1.836409
2021-07-08 17:00:00 1.637427 1.637427 1.678243
2021-07-07 17:00:00 1.126126 1.126126 1.539553
2021-07-06 17:00:00 1.247031 1.247031 1.394610

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-12 17:00:00 6.004804 6.004804 4.629794
2021-07-11 17:00:00 5.884244 5.884244 4.448367
2021-07-10 17:00:00 4.617605 4.617605 4.305153
2021-07-09 17:00:00 5.784173 5.784173 4.166482
2021-07-08 17:00:00 4.547342 4.547342 4.008086
2021-07-07 17:00:00 2.710768 2.710768 3.841167
2021-07-06 17:00:00 3.442505 3.442505 3.653810

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-12 17:00:00 3.565640 1.550570 1.522441
2021-07-11 17:00:00 1.866152 2.050919 1.483229
2021-07-10 17:00:00 1.485149 1.485149 1.447927
2021-07-09 17:00:00 1.889500 1.889500 1.421070
2021-07-08 17:00:00 2.147099 1.336227 1.383080
2021-07-07 17:00:00 0.850270 0.966525 1.329770
2021-07-06 17:00:00 1.381410 1.381410 1.289554

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-12 17:00:00 2.564103 0.963855 1.991860
2021-07-11 17:00:00 1.477833 1.477833 2.014968
2021-07-10 17:00:00 3.744493 3.744493 1.963127
2021-07-09 17:00:00 3.117506 3.117506 1.932316
2021-07-08 17:00:00 2.663438 2.663438 1.848045
2021-07-07 17:00:00 1.310861 1.310861 1.780375
2021-07-06 17:00:00 0.192308 0.192308 1.715683

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-12 17:00:00 0.000000 0.000000 0.119734
2021-07-11 17:00:00 1.081081 0.000000 0.118991
2021-07-10 17:00:00 0.000000 0.000000 0.224373
2021-07-09 17:00:00 0.763359 0.000000 0.242758
2021-07-08 17:00:00 2.409639 0.602410 0.314084
2021-07-07 17:00:00 0.813008 0.813008 0.428110
2021-07-06 17:00:00 0.000000 0.000000 0.546617

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-12 17:00:00 5.814843 5.814843 4.535914
2021-07-11 17:00:00 4.382889 4.382889 4.416878
2021-07-10 17:00:00 4.467843 4.467843 4.329963
2021-07-09 17:00:00 3.141672 3.141672 4.236865
2021-07-08 17:00:00 2.750092 5.728566 4.090611
2021-07-07 17:00:00 14.598540 14.598540 3.957526
2021-07-06 17:00:00 3.128023 3.128023 3.778493

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 0.000000 12.795276 2.739576
Basilicata 0.000000 0.000000 3.310529
Calabria 1.664533 0.774270 2.008940
Campania 8.185053 8.185053 7.434704
Emilia-Romagna 14.285714 8.760208 6.436685
Friuli Venezia Giulia 5.821918 5.821918 2.396913
Lazio 7.547170 7.547170 5.280309
Liguria 1.090909 1.090909 1.219332
Lombardia 1.504355 0.904503 1.621028
Marche 2.506964 2.506964 3.291217
Molise 0.854701 0.854701 0.746194
P.A. Bolzano 0.000000 0.000000 4.490973
P.A. Trento 1.666667 0.431034 0.759892
Piemonte 1.080737 2.256834 1.093298
Puglia 1.493711 1.493711 3.000740
Sardegna 7.738998 7.738998 2.313203
Sicilia 6.004804 6.004804 4.629794
Toscana 3.565640 1.550570 1.522441
Umbria 2.564103 0.963855 1.991860
Valle d'Aosta 0.000000 0.000000 0.119734
Veneto 5.814843 5.814843 4.535914

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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